Не имея конкурентов, обслуживающая Керченскую переправу некоммерческая организация постепенно установила слишком высокие расценки за переправу. Особенно страдают от произвола «Единой транспортной дирекции» грузоперевозчики, из-за специфики рейсов вынужденные пользоваться переправой многократно. Недовольные отзывы пользователей привлекли к себе внимание антимонопольной службы, представители которой отправились на проверку компании.
Как оказалось, мало того, что цены на переправу завышены, благодаря которым водитель одной груженой фуры должен уплатить не менее 19 470 руб. за перевозку грузов до пунктов «Новороссийск» или «Кавказ». Компания также нарушала Кодекс торгового мореплавания России, во время вычета стоимости транспортировки грузоперевозчиков, некоторые виды операций указывались по два раза, иногда – под различными формулировками. Наказанием для ЕТД стал штраф на 300 тыс. руб., что, как считают грузоперевозчики, не так уж и много для компании с такими объемами работы.